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了解结肠癌的新计算模型

尽管在大多数癌症中,继发性癌生长的发展(称为转移)是主要的死亡原因,但人们对其驱动的细胞变化知之甚少。伊利诺伊大学厄本那-香槟分校的研究人员在基因组生物学杂志上发表了一项新研究,该研究人员开发了一种新的建模方法,以更好地了解肿瘤如何变得具有侵略性。

明尼苏达州梅奥诊所的分子药理学和实验治疗学助理教授史蒂夫·普罗德说:“研究人员已经确定了几种在肿瘤侵袭时会改变的细胞途径。但是,很难理解它们如何影响肿瘤。”“我们想开发一个简单的系统,可以模拟癌细胞如何形成侵袭性肿瘤。”

研究人员汇集了他们自己实验的数据以及公开可用的数据以开发该模型,该模型基于研究癌症耐药性调节剂的更简单的2018年模型。在本文中,他们特别关注转录因子,转录因子是通过与DNA结合来控制基因表达的蛋白质。

提议说:“我们可以很容易地看到癌细胞中有多少转录因子。这种模型使我们能够看到它们所结合的靶区域是否可用。”根据DNA的组织,可以隐藏目标区域。通过研究其可用性,研究人员可以预测哪些转录因子和靶标很重要。

博士Saba Ghaffari表示:“该模型的优势在于它可以整合不同类型的实验数据,这并非易事。它为我们提供了转录因子列表,并根据其与结肠直肠癌侵袭性的相关性进行排名。” Sinha实验室的学生。该模型适用性强,可以分析其他类型细胞中转录因子的结合。

研究人员还使用人类癌细胞系测试了该模型的预测。他们研究了已鉴定的转录因子,并表明它们参与了结直肠癌细胞侵袭性的增强。

Offer说:“如果没有该模型,对我们分析所有这些不同细胞系中的转录因子而言,将是昂贵且费时的。”“我们现在可以使用这些数据来改善癌症护理。我们拥有更多有关这些因素的信息,我们就可以制造出更多干扰过程并改善治疗的干扰。”

研究人员希望进一步改进该模型以使其更加敏感。Ghaffari说:“尽管我们对数据进行了二值化处理,但是这些转录因子的作用正在不断变化。我们还假设所有基因都彼此独立起作用;实际上,它们可以共同起作用。”

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