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温暖而充满爱心的tegu蜥蜴成为遗传资源

今天在开放获取期刊上发表的GigaScience是一篇文章,介绍了tegu蜥蜴的基因组,它掌握了一种在爬行动物世界中极不寻常的技巧:它可以打开自己的加热系统。

大多数爬行动物不能像哺乳动物那样控制体温,而是必须依靠其环境,例如可用的阳光和阴影,来获得最佳的体温。tegu,Salvator merianae然而,朝着全面温血的方向迈出了一步:它可以将自己的体温提高到高于周围环境10°C。tegu的另一个但更负面的方面是入侵物种,对濒危物种构成严重威胁。虽然它是南美洲雨林和稀树草原的本地人,但它的魅力本质 - 它甚至可以达到一定程度的房屋训练,使它成为一个非常迷人的宠物,深受爬行动物爱好者的喜爱。不幸的是,异国宠物的国际贸易是物种进入新环境的主要原因之一,在这种环境中它们可能成为对本地物种的威胁。鉴于tegu独特的生物学特性及其对环境的潜在危险,

由德国德累斯顿马克斯普朗克分子细胞生物学和遗传学研究所的Michael Hiller领导的研究小组提供的tegu基因组序列具有前所未有的质量。为了实现这一目标,研究人员使用最先进的技术来读取tegu的DNA并组装其基因组序列。新发布的S. merianae基因组序列长度超过20亿个DNA字母,含有22,000多个基因。它是迄今为止任何爬行动物基因组最完整的组装,也将帮助科学家研究其他蜥蜴和蛇。

通过使用所谓的“长读”(Pacific Biosciences)测序技术,研究人员能够克服组装爬行动物基因组的一些挑战。Hiller和第一作者Juliana Roscito解释说:“与其他爬行动物类似,tegu基因组的很大一部分由重复序列组成,这些序列在基因组中多次出现。重复是组装基因组时的主要问题,特别是当重复序列长于测序DNA片段的长度,导致组装中的间隙(断裂)。“

tegu本身就是一个有趣的模型物种。作者对tegu基因组进行测序的动机之一实际上与他们对另一组爬行动物的兴趣有关:蛇。作者解释了他们的想法:“我们对研究蛇和其他爬行动物的肢体损失感兴趣。由于无肢爬行动物的祖先有完全发育的肢体,我们需要一个装配良好的蜥蜴基因组,以完全发育的肢体作为参考“。鉴于很少有具有测序基因组的爬行动物,作者决定自己生产。

该文章的另一个组成部分,特别是考虑到爬行动物的代表性不足。作为具有测序基因组的脊椎动物,作者还提供了tegu与其他16种物种之间的全基因组比对。“我们希望这些资源能够促进比较爬行动物基因组学,以了解这一物种中独特的形态特征是如何进化的,以及脊椎动物基因组如何进化,”Michael Hiller和Juliana Roscito总结道。

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