PacBio RS II测序系统是基于单分子实时测序技术(SMRT)的第三代测序平台,拥有超长测序读长、无GC偏向性、无PCR扩增偏向性等独特优势,解决了二代测序几大困扰,成为基因组从头测序的最佳选择。

PacBio RS II技术优势:

随着基因组研究的迅速发展,全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。通过基于PacBio第三代测序和Illumina二代测序,根据菌株具体情况制定最优策略,最终得到一条完整的基因组序列(1 contig,0 gap),是细菌基因组测序的最高要求。

技术指标:

细菌基因组完成图
测序平台 测序深度 单碱基错误率 Contig Gap N
PacBio RS||or
PacBio RS||or+Hiseq2500
60x以上 <0.0001% 1 0 0

技术方案:

参考文献:

1、Samina Mehnaz et al. Complete Genome Sequence of the Sugar Cane Endophyte Pseudomonas aurantiaca PB-St2, a Disease-SuppressiveBacterium with Antifungal Activity toward the Plant Pathogen Colletotrichum falcatum. Genome Announc.2014 vol. 2 no. 1 e01108-13

2、Koren et al. Reducing assembly complexity of microbial genomes with single-molecule sequencing. Genome Biology 2013, 14:R101 3、Bashir, et al. A hybrid approach for the automated finishing of bacterial genomes, Nature Biotechnology 2013, 30,701–707

真菌属于较低等的真核生物,种类繁多,在自然界中存在着大量能引发动植物病害的致病菌,也包含许多具有重要的药用价值和食用价值的有益真菌。因此,合理利用有益真菌,控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。基因组学是对真菌生长的遗传机制的全面理解,根据不同真菌物种特点,通过结合第二、三代对真菌进行基因组测序,可以快速而低成本的达到接近完成图和完成图的标准。

技术方案:

技术指标:

真菌基因组完成图
测序平台 测序深度 指标
PacBio RS||or+Hiseq2500 100x以上 完整的基因组序列,单碱基错误率<0.0001%

参考文献:

1、Jane Yeadon1, et al.Integrative Biology of a Fungus: Using PacBio® SMRT® Sequencing to Interrogate the Genome, Epigenome, and Transcriptome of Neurospora crassa.2014

2、Zheng A, et al. The evolution and pathogenic mechanisms of the rice sheath blight pathogen. Nat Commun. 2013;4:1424

3、Chin CS, et al., Nonhybrid finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data. Nat Methods, 2013;10(6):563-9

开 班 时 间:2014年4月25日-5月2日
上 课 地 点:杭州    浙江大学华家池校区

一、培训班上课内容

上课内容涵盖"基因组学->蛋白质组学->系统生物学"的研究方法、技术思路、前沿进展及其在各生物学科中的应用。主要内容如下:

1. 基因组的比较研究、DNA测序技术原理与进展(讲课人:于 军 教授)
2. 基因转录组的测定及分析、大规模测序方法及应用、微生物基因组学(讲课人:胡松年教授)
3. 蛋白质组学和系统生物学应用及数据分析(讲课人:杨军、陈铭教授等)
4. 基因组学、蛋白质组学、系统生物学在医学、农学中的应用 (讲课人:郑树、薛庆中、钟伯雄教授)

二、培训对象

从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生。

报名事项:

收费标准:注册费为¥3000/人,安排食宿、费用自理。
联 系 人:沈志成 13958194424   陈爱华13336100452
咨询电话:0571-86971539
电子邮件地址:zcniszc@zju.edu.cn; genetrain@zju.edu.cn
详情链接地址:http://www.zcni.zju.edu.cn/a/peixunzhongxin/jiyinzukexue/

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